Solange die Bilder im graphics-Ordner sind, kannst du dort tun und lassen, was du willst. Ob da nun 100 Unterordner oder ein großer Megapackordner kommen, ist dem FM egal. Wichtig ist, dass jedem Bild in diesem Verzeichnis ein Eintrag in der xml zugewiesen sein muss. Wenn du also 100 Unterordner hast, dann sollte es auch um die 100 xmls geben.
* Ausnahmen sind manche flag-packs, die sich der meiner Meinung nach hoffnungslos veralteten Methode bedienen, die Flaggen/Ländersymbole nach Kontinenten zu sortieren und diese dann über eine einzige config.xml zu steuern, die man jedoch von Hand bearbeiten muss. Anachronistisch, denn das Umbenennen der Nationen in ihre jeweilige ID dauert keine 30 Minuten.
* Auch Kit-Ersteller greifen häufig darauf zurück, was ich nicht verstehe. Benannt nach IDs und einheitlich gekennzeichnet mit home/away/third erkennt jedes xml-Programm die Files problemlos an. Auch hier lassen sich neue Trikots einfach integrieren und via fmxml oder Konsorten mit einem Schritt in eine vorhandene config.xml integrieren.
Der Vorteil einer einzigen config.xml liegt meiner Ansicht nach darin, dass der FM weniger Files einlesen muss. Weniger Files = weniger Fehlerquellen (hier rede ich von Fehlerquellen seitens des Users, gerade wenn config.xmls manuell erstellt worden sind). Zudem besteht so gut wie keine Gefahr von doppelten Bildern, von denen eventuell nicht das gewünschte eingelesen wird, da es sich in einem später eingelesenen Unterordner befindet. Darum machen Logo-Ersteller und Facepack-Ersteller es genau richtig und (meiner Ansicht nach) Kit-Ersteller machen sich selbst noch zu viel Arbeit mit den manuellen config.xmls.