Der Verein wurde am 8. November 1926, unter dem Namen POEL, in einem Süßwarenladen gegründet und war Gründungsmitglied des zyprischen Fußballverbandes. 1928 wurde der Klub in APOEL umbenannt.
Im August 2009 feierte die APOEL einen ihrer größten Erfolge im internationalen Fußball: Nach Siegen gegen EB/Streymur, FK Partizan Belgrad und den FC Kopenhagen gelang der Einzug in die Gruppenphase der UEFA Champions League 2009/10, gegen die Gruppengegner FC Chelsea, FC Porto und Atlético Madrid schied APOEL mit drei Niederlagen und drei Unentschieden als Gruppenletzter aus.
Im August 2011 wiederholte der Verein den Einzug in die Gruppenphase der UEFA Champions League 2011/12, in den vorhergehenden Qualifikationsrunden hatte der Verein KF Skënderbeu Korça, ŠK Slovan Bratislava und Wisła Krakau besiegt. Nach Siegen über Zenit St. Petersburg und den FC Porto qualifizierte sich der Verein am 23. November 2011 durch ein Unentschieden beim russischen Meister Zenit St. Petersburg vorzeitig für das Achtelfinale. Aufgrund der besseren Bilanz im Direktvergleich gegen den punktgleichen Verein Zenit St. Petersburg gelang dies sogar als Gruppensieger. Im Achtelfinale verlor APOEL das Hinspiel bei Olympique Lyon mit 0:1, gewann jedoch das Rückspiel mit 4:3 (1:0) nach Elfmeterschießen und zog als erster zyprischer Verein in das Viertelfinale der Champions League ein. Zum Matchwinner avancierte hierbei Dionysis Chiotis mit zwei gehaltenen Elfmetern gegen Lacazette und Bastos. Im Viertelfinale verlor APOEL das Hinspiel gegen Real Madrid mit 0:3. Im Rückspiel verlor APOEL 2:5 und schied somit aus dem Wettbewerb aus.
APOEL ist mit 25 Meisterschaften der Zyprische Rekordmeister knapp vor ihren Stadtrivalen Omonia Nikosia mit 20.
STADION
GSP-Stadion
Stadt: Nikosia
Eröffnung: 6. Oktober 1999
Erstes Spiel: Omonia Nikosia gegen APOEL Nikosia (3:3)
Rasen: Naturrasen
Kapazität: 22 859
Spielfläche: 105x68 m
Vereine:
Zyprische Fußballnationalmannschaft
APOEL Nikosia
Omonia Nikosia
Olympiakos Nikosia