Vielen Dank für all euer Feedback! Ich werde jetzt Schritt für Schritt auf alles eingehen.
Alle "Get Last Winner Of Competition" müssen beim Bayern-Pokal entfernt werden. Genau diese Regeln verursachen nämlich das Problem mit den 2. Mannschaften. Kleines Beispiel. Bayern München II war nämlich Meister der Regionalliga Süd und deswegen wurden die immer wieder eingefügt. Unabhängig davon ob die Reserve erlaubt war oder nicht.
So müsste der untere Teil im Editor aussehen. In meinen Test von vorhin tauchte danach keine 2. Mannschaft mehr im Bayern-Pokal auf. Auch die "spezielle Bayern-Regel" habe ich sogar entfernt.
Kruj? Falls noch was unklar ist, so meld dich ruhig bei mir. 
Dazu muss ich mich am Ausführlichsten äußern. Und zwar hat dieses "Get last winner of competition" einen ganz bestimmten Grund. Ich mach mal ein Beispiel:
Als ich das File vor dem Release getestet habe, ist mir aufgefallen, dass wenn ich "Get all teams from division" mache, dass dann der Aufsteiger NICHT im Pokal spielt. Konkretes Beispiel: Beim Testen ist immer wieder der SV Oberachen von der Verbandsliga Südbaden (nur südbadische Klubs) in die OL Baden-Württemberg (Klubs aus Nordbaden, Südbaden und Württemberg) aufgestiegen. Da die OL BaWü Teams aus drei Verbänden beherbergt, habe ich im Südbaden-Pokal alle Oberligisten via "Get specific team" eingestellt. Die Verbandsligisten jedoch zunächst nicht, die hatte ich als "Get all teams from division" drin...
Tja, Ende der Geschichte: Da der Aufsteiger aus der VL Südbaden in der 2. Saison
weder in der VL Südbaden spielte,
noch als spezifisches Team eingestellt war, spielte dieser Klub dann überhaupt nicht im Verbandspokal. Und um genau das zu umgehen, habe ich das mit diesem "Get last winner of competition" gemacht. Betrifft im File Südbaden jedoch nicht mehr, und alle anderen 12 Pokale MIT Pokalfüller auch nicht mehr (da ich es dort bei allen Teams mit "Get specific team" gehandhabt habe), aber die 8 Pokale OHNE Pokalfüller (also die Pokale, die weniger Teilnehmer haben, als Teams in der Datenbank sind, wie z.B. Bayern) müssen leider mit diesem "Get last winner of competition"-Befehl gehandhabt werden, da ich nicht alle Teams spezifisch einstellen kann (da Anzahl der z.B. bayrischen Teams in der DB größer ist als die Anzahl aller im Bayern-Pokal spielenden Teams). Ich empfehle daher NICHT, diesen Befehl zu löschen! Für das Update werde ich es so handhaben, dass ich in diesen 8 Pokalen alle Zweitvertretungen aus dem Verband, die einer Liga zugeordnet sind, einzeln ignorieren werde. Gebt mir aber bitte 'nen Tag Zeit dafür

Vorab erstmal danke für dieses umfangreiche und tolle File, Kruj! 
Auf folgendem Screenshot kann man erkennen, dass man in Deutschland untypischerweise doppelt auswärts, dann doppelt daheim und dann wieder doppelt auswärts anzutreten hat. Normal ist es ja, dass man in der Hinrunde höchstens einmal hintereinander daheim/auswärts spielt und in der Rückrunde dann eben umgekehrt.
Gibt es da im Editor eine Möglichkeit die Spielansetzungen korrekt zu hinterlegen? Zudem: Ist es in diesem File konstant eingestellt, dass der Meister der Bundesliga das Eröffnungsspiel daheim freitags bestreitet?
Das ist komisch, das sollte nicht passieren... an der Bundesliga habe ich nämlich, als ich DayDreamers File als Basis benutzt habe, rein gar nichts geändert... Wieso das jetzt so ist, kann ich mir ehrlichgesagt überhaupt nicht erklären... da muss ich noch drüber nachdenken...
Das mit dem Freitagspiel am 1. Spieltag ist soviel ich weiß hardcoded.
Bisher ist mir nichts weiter aufgefallen. Lediglich, dass die Spieltage in der 1. Bundesliga teilweise sehr "zerstückelt" sind, sprich: manche Vereine haben bereits teilweise 2 oder 3 Spiele mehr absolviert als andere. Siehe Screenshot (war auch mal schlimmer gewesen, als hier zu sehen):
Danke für die Antwort im Voraus.
Auch das sollte auch auf keinen Fall so sein... Denn ich habe, wie gesagt, nicht die Bohne an den Bundesliga-Regeln geändert... Also muss es an etwas Anderem liegen. Möglicherweise habe ich beim Erstellen der A-Junioren-Bundesligastaffeln versehentlich eingestellt, dass sich die A-Junioren-Spiele eines Vereins nicht mit den Bundesligaspielen des Vereins überschneiden dürfen... Sonst wüsste ich nicht, was diese Verschiebungen auslösen könnte. Ich werde auch da morgen mal 'nen Blick drauf werden.
Erstmal vielen Dank und allergrößten Respekt vor deiner Arbeit. Ich hatte mich am FM 14 an ähnlichem versucht und bin aus Zeitmangel dran gescheitert, aber ich weiß was da an Arbeit reingefloßen sein wird *thumps up*
Hab jetzt mal Testweise eine Saison durchsimulieren lassen und mir ist aufgefallen, dass Eintracht Norderstedt sowohl im Hamburg als auch im SH-Pokal mitspielt.
Die haben bei mir auch direkt beide gewonnen 
Auch da werde ich morgen mal schauen, vielleicht habe ich Norderstedt versehentlich in beide Pokale eingeteilt.
So, ich hoffe, ich konnte nun alles in etwa (auf)klären. Das mit der A-Junioren-Finalrunde wurde hier auch richtig erläutert, ich musste leider einen Kompromiss eingehen, aber ich denke, mit dem können alle leben.
