Wenn du einen Spieler leihen willst steht im Angebotsbildschirm auf der rechten Seite "Monthly Installments".
Beispiel: Du willst einen Spieler leihen, der bei seinem derzeitigen Klub 1.200.000€ verdient. Als Leihdauer nimmst du 6 Monate und du zahlst sein Gehalt zu 100%. Bei den "Monthly Installments" stehen nun 100.000€, die du pro Monat bezahlen musst. Das Gehalt des Spielers wird also auf einen Monat heruntergerechnet.
Veränderst du jedoch den Wert bei der "Loan Fee", so wird dieser Wert 1:1 auf die "Monthly Installments" aufgeschlagen. Den eingetragenen Wert zahlst du monatlich von deinem Transferbudget, das Gehalt des Spielers wird deinem Gehaltsbudget zugerechnet.
Sinn würde für mich folgendes ergeben: Ich möchte den Spieler leihen, habe aber mein Gehaltsbudget voll ausgereizt. Mein Transferbudget gibt aber noch 600.000€ her. Nun dürfte es keinen Unterschied machen, ob ich dem abgebenden Verein Angebot A (100% Gehalt) oder Angebot B (Loan Fee 600.000€) unterbreite, da er in beiden Fällen gleich viel verdient. Man könnte allerdings auch einfach das Budget verschieben!

Habe mir jetzt mal mehrere Loan Deals aus verschiedenen Ligen angeschaut (Transfer > Loans) und es scheint sich hier nicht um einen Bug zu handeln. In der Regel setzt die CPU untereinander das System clever um.

Hier zahlt zum Bespiel der VfL Wolfsburg das Gehalt von Dennis Aogo (5.750.000€) durch 2.300.000€ Gehaltsübernahme und 2.640.000€ Loan Fee (12*220.000€). Insgesamt also 4.940.000€. Da paßt alles.