Hm, man bräuchte, um genaues sagen zu können, die Einstellungen der einzelnen Spieler. Aber was mir auffällt ist die Tatsache, dass deine Spieler eher kurze Pässe spielen sollen, aber vorne ja kaum Spieler sind, bzw. das Mittelfeld damit nahezu nicht überbrückt werden kann. Wenn ein Gegner dann offensiver agiert, isoliert er einfach deine vorderen vier und hat leichtes Spiel, zumal dein Mittelfeld ja auch nicht zum Pressing rausrückt und sich somit selber den Raum eng macht. Ich vermute, dass du gar nichtmal dadurch verlierst, dass der Gegner zu gut/offensiv ist, sondern weil deine Spieler mit dem Ball nichts anzufangen wissen und ihn dann in ungünstigen Situationen verlieren.
Ich würde die beiden Außen auf jedenfall offensiver positionieren, die Breite etwas erhöhen, damit die Flügel auch richtig eingesetzt werden können und statt zwei 6ern würde ich zwei 8er aufstellen, die dann mit unterschiedlicher Mentalität agieren. Deine IV hat zudem keinen guten Antritt, ist aber an sich relativ schnell. Da kannst du zwei Extreme versuchen: Sehr defensiv und daher darauf hoffen, dass Schnittstellenpässe nicht gut möglich sind, riskierst du aber Distanzschüsse mit, wenn dein DM umspielt ist. Oder du agierst mit einer hohen Defensivlinie, das lädt zwar durchaus zu Schnittstellenpässen ein, aber du kannst Neuer ruhig als mitspielenden, offensiven TW agieren lassen, der solche Pässe gut abfangen kann, zudem ist gerade Badstuber hervorragend beim Antizipieren und eben ziemlich schnell, wenn er erstmal Tempo aufgenommen hat, das kann also auf die längere Strecke Vorteile mit sich bringen (Boateng würde hier als RIV imo dann besser agieren).
Für genaueres poste mal die detaillierten Einstellungen aller Spieler sowie die Statistiken/Analyse des Chelsea und Stuttgartspiels.